Khi nhà Tây Sơn được thành lập, Phật giáo tiếp tục phát triển, không hề bị cản trở. Một số chùa lớn được xây dựng như chùa Kim Liên, chùa Tây Phương nhưng kiến trúc tháp thì không được xây dựng, chủ yếu là các tháp mộ.[7]

Nguyễn Ánh thống nhất đất nước, tạo ra một chế độ trung ương tập quyền tôn sùng Nho giáo ở mức cực đoan nhất trong lịch sử trung đại Việt Nam. Sự thăng trầm của Phật giáo Việt Nam thời kì này phụ thuộc vào thái độ rất khác nhau của các mỗi vị vua triều Nguyễn. Năm 1804, Vua Gia Long nhận sách phong của nhà Thanh tại Thăng Long, sau khi xem xét tình hình dân chúng đã xuống chiếu "Định điều lệ hương đảng cho các xã dân ở Bắc Hà", trong đó có đoạn:

Dưới thời vua Minh Mạng (1820-1840) và Thiệu Trị (1841-1847) thì chính sách đối với Phật giáo lại đổi khác. Minh Mạng muốn ủng hộ Phật giáo một cách không chính thức. Ông cho dựng lại chùa Thánh Duyên năm 1826, đến thăm và đề thơ ở đây, nhưng lại nói: "Trẫm đối với đạo Phật, cái ý không khen không chê, đã biểu hiện ở bài thơ này vậy". Vua Thiệu Trị thì tích cực trong việc xây dựng chùa tháp, tô tượng, đúc chuông. Năm 1844, ông đã cho xây tháp Từ Nhân (sau đổi tên là Phước Duyên) cao 7 tầng ở chùa Thiên Mụ và cho dựng chùa Diệu Đế (gọi là "quốc tự"). Vua Tự Đức (1848-1883) lên ngôi, lại quay về những lệnh cấm đối với Phật giáo như thời Gia Long.[43] .

Chùa chiền ở miền Bắc dưới thời Nguyễn không còn được xây dựng ồ ạt như trước, nhưng việc trùng tu vẫn diễn ra liên tục, đến nỗi gần như không có ngôi chùa nào là không có dấu vết của kiến trúc - điêu khắc thời Nguyễn.[43] Các tháp cao còn lại không nhiều. Tại Thăng Long có tháp Diệu Quang cao 10 tầng tại chùa Liên Phái được dựng năm 1890, là tháp cổ cao tầng duy nhất còn lại trong nội thành Hà Nội ngày nay.[44]